Principalele probleme care pot apare în legătură cu implementarea unui ERP sunt generate de următorii factori: 1. Neconformitatea modulelor achiziţionate. Această situaţie este generată, în principal, de alegerea unui sistem ERP ale cărui arhitectură şi componente nu sunt adcevate şi nu corespund deplin proceselor economice, culturii şi obiectivelor strategice ale organizaţiei. 2. Dependenţa de furnizori, apare atunci când implementarea sistemului s-a realizat prin achiziţionarea unor componente şi module de la furnizori diferiţi şi nu s-a mers pe un singur furniyor care înseamnă şi implicarea acestuia pe termen lung. 3. Complexitate prea mare, apare atunci când au fost achiziţionate şi implementate module care nu sunt absolute necesare sau nu sunt deplin adecvate profilului şi proceselor organizaţiei. 4. Necesitatea extinderii şi dezvoltării sistemului ulterior implementării este o cerinţă importantă de care trebuie să se ţină cont, aceasta putând apărea ca urmare a unor modificări ale obiectului de activitate al organizaţiei sau schimbări legislative.